Mit Errichtung der neuen evangelischen Kirche in Deutsch-Wilmersdorf 1897 wurde auch die Orgel von der renommierten Orgelbaufirma Furtwängler & Hammer aus Hannover erbaut. Der Wilmersdorfer Gutsbesitzer Christian Blisse, einer der sogenannten „Millionenbauern“, der auch die Glocken finanziert hatte, hat sie gestiftet. Die Orgel verfügte über 41 Register (Klangfarben), verteilt auf zwei Manuale und Pedal. Der Spieltisch stand damals direkt am Orgelgehäuse. Die Luft zum Spielen musste zunächst noch durch Bälgetreter erzeugt werden; erst acht Jahre später wurde ein elektrisches Gebläse eingebaut. Aus dem Prospekt (der sichtbaren Frontseite des Gehäuses) mussten 1917 wie bei vielen deutschen Orgeln die wertvollen Zinnpfeifen zu Kriegszwecken abgegeben werden; sie wurden durch einfache Zinkpfeifen ersetzt.
Von 1921 bis 1924 erweiterte Furtwängler & Hammer die Auenorgel in umfangreichem Maße auf nunmehr 62 Register. Sie zählte nun zum Kreis der großen Orgeln der Reichshauptstadt. Die Disposition, also die Zusammenstellung der Klangfarben, stammte von dem damaligen Kirchenmusiker der Auenkirche Rudolf Meimberg, der auch in den folgenden Jahren dafür sorgte, dass die Orgel gut gepflegt und erweitert wurde.
Schon 1928 wurde die Orgel nochmals umgebaut; dabei wurde das Klangbild behutsam nach den neuen Klangprinzipien der gerade beginnenden "Orgelbewegung" ausgerichtet, die sich am hellen Klang der Barockorgel orientierte – im Gegensatz zur orchestralen Klangfärbung der Romantik.
Am 1. Juni 1929 erschien in der renommierten "Zeitschrift für Instrumentenbau" ein umfangreicher Artikel über die umgebaute Auenorgel, samt Fotos, Disposition und detaillierter fachlich-kritischer Beurteilung; er steht hier zum Download bereit (pdf, 49x70cm, 4 Seiten, 1,85MB).
Orgelempore im Jahr 1930
Im Zweiten Weltkrieg erlitt die Orgel etliche Schäden, konnte aber im Gegensatz zu vielen anderen Instrumenten in Berliner Kirchen repariert werden. So wurde auch das Klangbild der Orgel weitgehend erhalten. Seit ersten Arbeiten in den Sechzigern bis in die frühen 2000er Jahre hinein kümmerte sich nun der Orgelbauer Dieter Noeske um die Auenorgel und bestimmte in Zusammenarbeit mit dem Organisten Werner Ingo Schmidt die klangliche Neuausrichtung. Zwar wurde ein Großteil des originalen Pfeifenwerks und der Technik erhalten, dennoch wandelte sich das Klangbild sehr. Das in jener Zeit vorherrschende neobarocke Klangideal schlug sich auch in der Modifizierung der Auenorgel nieder, romantische Orgelklänge hingegen waren verpönt. Glücklicherweise entschied man sich aber dennoch, den historischen Kern der Orgel zu erhalten, was sicherlich auch durch die überdurchschnittliche Qualität der Furtwängler & Hammer-Orgel begründet war.
1961 wurde die Orgel umgestaltet und mit nun 78 Registern auf vier Manualen und Pedal und knapp 6.000 Pfeifen wieder eingeweiht. Sie erhielt ein neues Manual, das ganz im Geiste des Neobarock gestaltet wurde, und als Besonderheit einen zusätzlichen mechanischen Spieltisch für dieses neue Teilwerk links am Gehäuse. Außerdem wurde ein neuer fahrbarer Spieltisch aufgestellt, was durch ein neues elektrisches Spielsystem möglich wurde.
Die Auenorgel war nun eine der größten Orgeln Berlins. Zahlreiche Rundfunkaufnahmen wurden auf ihr eingespielt.
Unter Kantor Romo Feldbach wurde die Orgel zwischen 1984 und 1986 gereinigt, schadhafte Technik repariert und der Prospekt restauriert. KMD Jörg Strodthoff, seit 1989 Kantor der Auenkirche, führte das Werk seiner Vorgänger fort, indem er 2001 einen großen Orgelausbau konzipierte. Auch in den Folgejahren kam es immer wieder zu Umbauten. Bis zu seinem frühen Tod im Jahr 2013 war es Jörg Strodthoffs Ziel, der Orgel etwas von ihrer neobarocken Schärfe zu nehmen und wieder vermehrt romantische Klangfarben zu etablieren.
Die Auenorgel ist die zweitgrößte Kirchenorgel Berlins (nach der Sauer-Orgel im Berliner Dom). 2022 verfügte sie über 85 Register auf vier Manualen und Pedal. Der Organist bediente alles vom frei stehenden Spieltisch aus dem Jahr 2002 aus.
Im Inneren der Orgel verteilte sich die Klangvielfalt auf fünf Teilwerke. Die Pfeifen des Hauptwerks sind auf der rechten Seite hinter dem Prospekt platziert; es stellt die kräftigsten Stimmen bereit und bildet das klangliche Rückgrat der Orgel. Links daneben stehen die Pfeifen des Pedals. Das Schwellwerk 1 ist in einem separaten Gehäuse im Orgelinneren ganz hinten rechts untergebracht. Seine Lautstärke lässt sich durch Jalousien stufenlos variieren (schwellen). Parallel dazu befindet sich Schwellwerk 2 hinten links. Es ist klanglich zurückhaltender, hier sind die leisesten Klänge der Orgel zu finden. Das 1961 hinzugefügte Positiv ist auf der linken Seite ganz vorn, unmittelbar hinter den Prospektpfeifen, eingebaut. Es beinhaltet überwiegend neobarocke Register und verleiht der Auenorgel damit Leichtigkeit und Klarheit.
Seit einigen Jahren traten vermehrt technische Mängel auf, die schließlich erschreckende Ausmaße angenommen haben. Kurz nach der Übernahme des Kantorenamtes durch Winfried Kleindopf im Herbst 2014 begannen daher Überlegungen zu einer umfangreichen Restaurierung der Auenorgel.
Dabei stellte sich schnell heraus, dass es mit einer Reparatur nicht getan ist, denn in vielen Bereichen der Orgel wurden jahrzehntelang keine substanzerhaltenden Arbeiten vorgenommen, sondern lediglich umgebaut oder erweitert. 2022 funktionierte nur noch ein Drittel der Orgel ohne nennenswerte Probleme!